国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个旁观者的角度把亲眼所见的事记录在自己的手机中。一天，时空之神宙斯把未来日记植入他的手机中，这日记记录的是他未来90天发生的事，包括考试内容、遇到的危险等。但这个“日记”一旦被破坏，持有者的未来将会同时消失，也就是持有者会立刻消失。宙斯已选定十二位未来日记持有者，而最后生存的人将会成为宙斯的继承者，掌握支配时空的“神之座”。他跟同样拥有未来日记的其余11人，展开你死我活斗争的杀人游戏。
不起眼的平凡上班族内村传之助，某天突然被挖角人才的魔王召唤到了异世界！魔王评估被视为无能并降职调任到国外的内村，认定他过去所有的工作表现，拥有成为四天王的价值，内村被魔王的热情攻势和优渥待遇打动，决心跳槽到异世界的魔王军，然而内村毫无任何外挂能力，只能以上班族时期培育出的知识和经验，即将挑战魔王军的业务工作
伴随着“空间震”这一前所未有的灾害，出现了一些称为“精灵”的神秘少女，对于拥有压倒性力量、被称为灾难的她们，数十年间，人类从未停止对抗她们的步伐。 人类通常采取的措施是用武力来歼灭她们，或者是—— “与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“接吻”即可封印其力量，并转化为自己的力量。拥有这种能力的高中生五河士道，为了人类的和平，也为了拯救精灵们，从而展开了和她们之间的“约会”。士道平时要抑制曾将精灵们卷入斗争的强大灵力，有时为了保护她们也会使用这股力量，通过这样的方式，士道把夜刀神十香等精灵们一次次从危机中解救出来，人类和精灵之间的关系以及处理方法也在悄然改变…… 同时，也有一些组织使用与士道所在的”拉塔托斯克“不同的手段，与精灵们对峙。 短暂的平静即将被打破，士道等人的战争（约会）又要开始了——
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
