克劳斯在成功抓获《尸》的同伙后返回阳炎宫。 然而，在那里得知的却是缇雅、莫妮卡、安妮特和爱尔娜选拔组的失踪。 选拔组的女孩们在度假时遇见了一位因失忆而来历不明的女孩——安妮特的母亲。 每个人都对重聚感到兴奋，但这却是分裂团队残酷命运的开始。 失踪少女的《秘密的任务》到底是什么？ 世界最强的间谍们、世界最大的欺骗！
故事舞台设定在全住宿制女子高中的一个班级——10年黑组之中，这个班级里的学生都是由暗杀者构成的，她们全都瞄准了她们的同学一之濑晴的性命。即使她的性命被众多人觊觎，一之濑晴依然发誓一定会活着毕业。另一方面，同样也是准备夺取一之濑晴的性命的暗杀者转校生东兔角却在一次次接近晴时，渐渐的被晴所吸引。在同学们对晴展开攻击之时，兔角则以保护者的姿态与她们开始了战斗。
青与医生俊夫一同生活在冲绳的磐户岛上。突然出现的神秘的「Secret」对珊瑚岩进行了攻击。一心为了保护磐户岛的青启动了运输舰上的军用FP...
