魔法使芙莉莲和勇者辛美尔等人一起，历经十年的冒险之后击败了魔王，为世界带来了和平。身为能活上一千多年的精灵族，她于是和辛美尔等人约定再次相见后，踏上了独自一人的旅途。自那以后，50年过去，芙莉莲又前往拜访辛美尔，相比于和50年前一点没变的她来说，辛美尔已经年迈体衰，进入了风烛残年。之后，她目睹了辛美尔迎来他的死亡，痛感自己以往没能“知晓人心"，陷入后悔的芙莉莲，为了“知晓人心"，踏上了旅途。这趟旅途会邂逅各种各样的人，也有各种各样的事情在等待着她。
正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？这个犯人同时也是公安警察降谷零(安室透)宿命的敌人，因为他害死了自己的同学松田。在即将追到犯人之际，突然出现了一个神秘的变装人物，给安室装上了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹，柯南赶到了安室潜伏的地下避难所。柯南从安室口中得知了另一桩事件——三年前，安室和警校同学(现已亡)在涉谷遇到了身份不明的变装炸弹犯「普拉米亚」。然而这时，危险已经开始笼罩搜查中的柯南等人……
