世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动！
因为父母出国出差，主人公在日本只剩下一个人，所以在叔叔家住了一年。 在他转学的八上神高中，有一个美妙的都市传说，“雨夜的12点，在没有开的电视上看到自己的脸时，会出现另一个人的形象”。 主角和同伴在自己尝试的时候被拉到了不同的空间，他们立刻发现深夜电视与镇上的连环杀戮有很大关系，他们被一个叫做影子的怪物袭击 在那里搜索期间。 主角一行人通过接触怪物唤醒了女神异闻录的能力。 他们以为警方不会相信这种离奇的事情，决定自己解决连环杀人案。
