世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动！
在宇宙纪年16902年，浩瀚的宇宙中有一颗”阿德里星”，在那里发现一份威力奇大的特殊能源，为宇宙其他星球所觊觎，几方势力争夺不休。为防止给”阿德里星”带来灾祸，”阿德里星”的历代战神在“地星”建造了一个深海迷城，把能源埋藏其中，更将开启海底迷城的钥匙分成五块碎片，设下五大谜题以阻挡邪恶之人。 4000年以后，现任战神---伽罗和好朋友小心超人为追捕盗窃的怪兽，被引到这个“地星”，还卷入了一件“神秘湖水怪事件”中。期间，他们结识一个正在神秘湖寻找失踪朋友的少女莉莎，并一起解决了水怪之谜。然而，伽罗却发现这一切和阿德里星有千丝万缕的关系，于是，大家踏上了调查五大谜题之旅。
