舞台位于千叶县石矛市的石矛工业大学及其周边。此外，千叶县普安市的石矛(ねこざね)确实有“石矛”这个地名。
故事(连载)从一开始，做猫的大学生森里萤一给‘我的女神办公室’打错了电话(虽然颖怡以为自己打错了电话，但事实并非如此，是世界树功能运作拯救颖怡的必然)。
当萤发现她拨错了号码时，她慌了。先是电话里传出“我马上就来”，然后镜子里出现了一个叫贝儿丹迪的著名女神。巴德丹迪问萤想要什么，萤说:“希望有你这样的女神能一直陪在我身边。”这个愿望是上天赐予的。此后，萤与贝儿丹迪生活在一起。
4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。 天人组织消失了，世界从3个巨大的国家联盟统一为一个联合政府，世界已经统一。但是，这只是表象。表面的政治统一，但军方秘密组织A-LAWS在暗中从事武装镇压，镇压所有反对联合政府的组织与团体。这样的世界，没有改变。人类依然没有从战争、纷争、矛盾之中解脱出来。天人组织再次回归！高达驾驶员刹那•F•清英驾驶新型号的机器人——高达00再次武力介入。这次，天人组织要面对的不仅是A-LAWS的机动战士部队，还有神秘组织变革者——其首领里冯兹正在计划一个更大的阴谋！ 《机动战士高达00》系列动画片第2季。
