所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
大乾王朝和太阳神宫大战在即。为了救出被太阳神宫当做女娲魂之碎片带走的小柔，古海决定韬光养晦，积攒人力和财力。此时恰逢大乾王朝神机营统帅李浩然巡查各地，古海得罪李浩然，被贬为斥候，前往恶人谷调查案件。查案途中却得知一个天大的秘密：太阳神宫利用谷内恶人在制作新式武器……
