所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
加奈（丰崎爱生 配音）打小父母双亡，如今，就连一直以来相依为命的祖母都离她而去，面对这个陌生和凶险的社会，小小的加奈该何去何从？在误打误撞之中，无家可归的加奈住进一家名为“风新”的报纸销售点，在那里，她将以打工的方式来支付她的房租。 在报社中，加奈遇见了许多善良开朗的朋友们，年纪小本领大的小学生代理社长天野咲妃（水原薰 配音）让加奈很是崇拜。再加上活泼淘气的同行北冈梦（广桥凉 配音）和外表御姐内心却有些天然呆的南有纪（远藤绫 配音），以及竞争对手“华日新闻专卖所”的送报娘久地院美华（钉宫理惠 配音），加奈的生活一下子就变得精彩起来。
结城友奈每天早上起床、准备出门上学、上课、参加社团活动、和朋友一起玩…那个 两年来，她一直过着普通的中学生活。如果非要找一个特别的地方，那就是她所属的俱乐部“勇者部”俱乐部有什么活动？不可思议的存在“Vertex”又是什么？上帝世纪300年，女孩的故事——。
