在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裏又看到另一羣孩子們拼命求生存的身影……。
故事发生在异世界中，在这里，被称为“噬神者”的鬼怪潜伏在人群之中，散播着恐惧和危险。在一场浩浩荡荡而又旷日持久的战争之后，人类终于以伤亡惨重为代价将噬神者们封印在了三层结界之后，然而随着时间的流逝，第一层结界碎裂了，这也就意味着，如果坐视不管的话，数百年前的悲剧将要重演。 就在这个危急关头，身形纤弱但拥有着强大力量的少女们出现了。天真乐观的静御前（铃木爱奈 配音）、温柔冷静的义经（松井惠理子 配音）、嗜酒如命的茨木童子（三森铃子 配音）、捉摸不透的辉夜（橘田泉 配音）、可爱娇小的天照（原奈津子 配音），这些少女们要对抗的，是名为“撒旦”的最强噬神者。
以住在北海道旭川市的高中生馆胁正太郎，与热爱“骨”、既是标本收藏家亦掌握一些验尸相关知识的美人大小姐九条樱子为中心，主要讲述了他们遭遇并解决各种各样牵涉人命的事件的物语。
那个蓝发的，优秀的少女朝比奈凉风（三桥加奈子 配音）一直都萦绕在秋月大和（中村太亮 配音）的记忆中挥之不去。为了接近凉风，从来没有经受过训练的大和加入了学校的田径社。然而，入社后，大和展现出的优秀素质让众人都眼前一亮，唯有凉风对此不置一词。在凉风眼里，这一切都是大和为了吸引自己的目光而玩弄的花招而已。 对于爱情，凉风曾经有过一段凄惨的回忆，这让她在对待大和的追求时，一直持有着冷漠的态度。但是，随着时间的推移，当大和一次次的打破自己的短跑记录时，凉风渐渐发现，这个曾经莽撞轻狂的男孩，如今已经成长成为了值得信赖的少年。
