“天使之卵”架构在一个充满阴影和灰暗色彩的超现实主义世界中，剧情的主角是两个没有提及名字的少年与少女。 少女随身带着一颗神秘的蛋，她花许多的时间在某个歌德式的死城里搜集各式瓶子与手工艺品。身上背着一把十字型武器的少年在某天也随着一种神秘的机械来到这个城镇。 同时，巨大腔棘鱼的身影在城镇上方出现，城市里的人也成群的活过来开始用长枪猎捕这些鱼群。 在少女如巨穴般的瓶子中，就像个庇护所一般，里面收藏着蒐藏品。少年等少女入睡后将那颗神秘的蛋打破。 少女表现得很生气并紧跟着已经离开的少年。最后少女沉入了溪谷中死去，她口中吐出来的气泡最后都化作了一颗颗的蛋。
上古时期妖兽纵横，一位神秘道人分别授予了阴阳五行的特殊能力给金木水火土五个家族来抵抗妖兽。他们将妖兽驱赶到神隐雾山之中，设立结界。雾山之中另有强大灵力的麒麟兽常常吸引来那些想要提升妖力突破结界的妖兽们，因此自愿被封印于巨阙神盾之中。火行使者闻人翊悬为救其母私自打开了巨阙神盾，小麒麟趁机偷溜出来，妖兽界将掀起一股腥风血雨……
