恋爱旗标、友情旗标、胜利旗标及死亡旗标──“旗标（flag）”，那是人生歧路上重要的选项。自从某事件後，少年‧旗立飒太能够在他人头上看到“旗标”。转学进入都内首屈一指的名门学校“私立旗谷学园”的他，因为看得到“旗标”的缘故，一直跟他人保持距离……然而身边不知为何却美少女成群，热闹非凡！她（含性别疑似“她”者）们五人听说男生宿舍只有他一个人，竟然提议要和他一起住！他看到的“旗标”究竟意味着什么？另一方面，一男五美少女住在同一个屋檐下的团体生活又会有什么发展？
故事发生在71岁，当时宇宙中居住着总人口的70%。这时候世界上有两大势力——军事同盟发展起来的“多西亚军事同盟”和贸易协定扩张起来的“环大西洋”。而故事的主角，史的中立国小迪奥，也遭到了多尔奇亚军的入侵。在失去了顺畅的日常生活时，石遇到了神秘的人形武器“Valvrave”
