恋爱旗标、友情旗标、胜利旗标及死亡旗标──“旗标（flag）”，那是人生歧路上重要的选项。自从某事件後，少年‧旗立飒太能够在他人头上看到“旗标”。转学进入都内首屈一指的名门学校“私立旗谷学园”的他，因为看得到“旗标”的缘故，一直跟他人保持距离……然而身边不知为何却美少女成群，热闹非凡！她（含性别疑似“她”者）们五人听说男生宿舍只有他一个人，竟然提议要和他一起住！他看到的“旗标”究竟意味着什么？另一方面，一男五美少女住在同一个屋檐下的团体生活又会有什么发展？
2036年日本东京因核电厂发生爆炸，全市受到严重的核辐射污染而遭到封锁，于此同时只有三名经过基因改造的女高中生成立了一支代号为「柯佩莉昂娃娃」的救援队伍，他们的体内天生具有辐射抗体，仅仅三人，她们以自己的眼睛去搜寻着生还者，这座曾经是繁荣首都的城市如今变成了死城，在救援过程中她们面临着危险的断垣残壁以及恐怖的变种生物，她们究竟如何突出重围呢？
故事发生在志城南中学，桂木真己（花江夏树 配音）是刚刚转来这里念书的学生，从小到大和母亲过着相依为命生活的他性格有些内向，但实际上，真己是一个心思非常细腻体贴的男孩。在机缘巧合之中，真己加入了学校的软式网球部，这项运动彻底改变了真己的中学生活，给他的校园回忆留下了浓墨重彩的一笔。 个性非常认真的网球部部长新城柊真（畠中祐 配音）、性格桀骜不驯，常常语出惊人的雨野树（松冈祯丞 配音）、异常体贴，总是害怕给别人添麻烦的布津凛太郎（佐藤元 配音）、大大咧咧容易冲动的曽我翅（丰永利行 配音），和真己一起挥洒汗水的，还有这些个性迥异的部员们。
在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裏又看到另一羣孩子們拼命求生存的身影……。
