故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
某对男女在某所初中成为恋人，卿卿我我，由于琐事产生误会，比起怦然心动，生气烦躁变得多了起来……后来趁着毕业就分手了。而高中入学前的两个人——伊理户水斗和绫井结女以意想不到的形式重逢。“当然是我当哥哥了。”“我才是姐姐，这还用说吗？”父母再婚对象的孩子，居然是刚刚分手的前任？！顾虑到父母心情的前情侣，约好“把对方看作异性就算输”的“兄弟姐妹规定”，然而——又是洗澡出来不期而遇，又是两人独处的上下学……那时候的回忆加上同住一个屋檐下的状况，让两人无论如何都会在意对方？！
202X年，名为「兰道夫症候群（ランドルフ症候群）」的症状感染扩散至全世界，受到感染的人将陷入昏睡无法苏醒。同时，在南极发现了充满异形与未知资源的巨大地下世界「阿萨伊拉姆（アサイラム）」。人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源，人们纷纷前往深渊之中。
