故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
作品背景以1000年后的未来世界为背景。 它讲述了1000年后，日本的儿童不断消失，只有想象中的恐怖动物与人类战斗到死。 反乌托邦的未来超级社会“新世界”是一个人类可以通过念诵咒语来移动具有“魔力”的物体，并与与普通人具有相同智力的生物“怪物鼠”共存的世界。 乍看之下，一切似乎都很平静，但“新世界”孩子们的行动却被完全控制和克制，不恰当的记忆被抹去，被认为有问题的孩子被当作劣质产品单独对待。 主人公再继因为一些违反规则的小事莫名失去了许多朋友，卷入了人妖之间的战争。 除了令人毛骨悚然的故事情节，本作还对未来社会自然环境不断遭到破坏所引发的一系列问题进行了探讨和推测，并因此获得了2008年日本科幻大奖。
