在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！ 千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！ 为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
在遥远的未来，银河的尽头。人类正与异形的怪生命体展开生存之战。在激战中，少年兵莱德与其乘坐的人型机动兵器Chamber 一起被吞入了不明的时空。在进入人工冬眠的状态后逐渐苏醒的莱德，来到了被遗忘的边境行星——地球。 被海洋包围的地球此时以及是一片汪洋，地球上的人类们靠乘坐巨大的船只移动，同时不断打捞着旧文明留在海底的物品生存。被船队搭救的莱德登上了其中一艘大船Gargantia，而由于语言、文化、习惯等的不同，莱德对未知的环境感到非常困惑。但无可避免的他必须去学会如何与Gargantia上的人们共同生活，其中还包括少女艾米。于是。不同于战斗的，充满惊喜的翠星生活开始了！
