在远古的时代，宇宙中存在着分别代表光明与黑暗的两个文明，正如光与影永远是相互矛盾的，两个文明也长年处于战争之中，代表黑暗的文明为了取得胜利，就制造了一种高科技的战舰，这种战舰拥有超强的作战能力及穿越时空的能力，而且，还拥有自己的思想。然而，这种战舰却会把驾驶者作为自己的食粮，以此来增强自己的力量。这种黑色的战舰就像魔鬼一样，会把敌人彻底毁灭，但同时也会吞噬驾驶员的生命。而在同一时间，为了对抗敌人的黑色战舰，代表光明的文明也创造了一艘白色战舰与黑色战舰抗衡。后来，两个文明都原因不明地消失了，而那些战舰却依然存在在宇宙的某个角落里，新时代的人为他们起了个名字——遗失之舰（LostShips） 故事发生的世界，是设定为Slayers中所称的“异世界”。故事重心围绕在“遗失之舰——飞天一号”上。而统治这个世界的魔王正是在中被消灭的异界魔王——黑暗之星。 由于将精神力变换为能量的“精神物理学”的发达，产生了超越光速技术的遥远未来。主人公凯恩在这个世界里解决着发生的各种各样的事故，这种工作称之为“TROUBLE CONTRACTOR”(麻烦终结者，简称T.C）。 凯恩（kane）的伙伴是加娜（Canal），表面上是人类，实际上是飞天一号的主电脑的立体投射映像。性格很可怕的，凯恩（kane）因为惹她生气而被扔出宇宙船（在宇宙中啊……生命啊）作为报复。 另一个伙伴是想成为“宇宙第一”的米丽（米Mill），原来米丽（mill）是个侦探，因为凯恩（kane）的关系被解雇，也成为了T.C。米丽（mill）的枪法和料理都非常好……就是料理的时候厨房会遭殃……
在水族馆工作的18岁女高中生·海咲野空琉，与在东京失去了自己的位置、因而逃走的前偶像宫泽风花相遇了。空琉和风花将各自的想法埋藏于心、在水族馆中度过了一段时光。但是，在那个重要的地方，闭馆的危机正在迫近。少女们的梦想与现实，孤独与朋友，羁绊与纠结——将会在这个夏天展开闪耀的新篇章。
某日早晨，普通的女子高校生・源内青收到一个神秘包裹。 打开后发现里面放了名为FRAME ARMS GIRL的完全自律型小型机器人『轰雷』。 是玩具!还是塑胶拼装模型! 但是轰雷不仅仅是FRAME ARMS GIRL。 而是搭载了在通常的人工智能以上，拥有高度人格的人工自我——AS（Artificial Self）的最新型试作机。
