1930年代，以欧洲为中心突然出现的人类之敌“涅洛伊”。 能够对抗以通常的兵器难以破坏的涅洛伊的， 只有被称作魔女的、拥有特殊魔法力的少女们而已……。 1944年9月，在以第501统合战斗航空团“Strike Witches”为中心的联合军活跃之下，高卢共和国上空的涅洛伊巢穴消灭，欧洲西部的安全得到了确保。 以此为机，联合军开始正式计划对欧洲中央—东部方面的反抗作战。 在欧拉西亚帝国彼得堡构筑了基地的， 第502统合战斗航空团“Brave Witches”也被下达了出击的命令。 背负人类的希望，充满勇气的魔女们，在东欧的寒空中巡航。
恋爱旗标、友情旗标、胜利旗标及死亡旗标──“旗标（flag）”，那是人生歧路上重要的选项。自从某事件後，少年‧旗立飒太能够在他人头上看到“旗标”。转学进入都内首屈一指的名门学校“私立旗谷学园”的他，因为看得到“旗标”的缘故，一直跟他人保持距离……然而身边不知为何却美少女成群，热闹非凡！她（含性别疑似“她”者）们五人听说男生宿舍只有他一个人，竟然提议要和他一起住！他看到的“旗标”究竟意味着什么？另一方面，一男五美少女住在同一个屋檐下的团体生活又会有什么发展？
