花园花铃（中原麻衣 配音）拥有着悲惨的身世，在她尚且没有记忆的时候，父母就过世了。之后，叔母收留了无处可去的花铃。花铃虽然个性善良而又温柔，脑袋却有些笨笨的，无论是成绩也好运动也好人际交往也好，她都慢别人一步，因此常常遭到叔母的责骂。花铃唯一的好朋友是她的宠物猫小西，然而有一天，小西也离她而去。 一次偶然中，花铃发现了母亲留下来的一枚戒指，这枚戒指拥有神奇的法力，能够让花铃变身成为魔法少女。之后，花铃又遇见了九条姬香（下屋则子 配音）和九条和音（泽城美雪 配音），他们也拥有着各自的戒指。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
新たな力を手にした娘達の逆襲—— 。 夜叉姫やしゃひめの使命が、今明かされる！！ 殺生丸せっしょうまるの娘で、現代育ちの日暮ひぐらしとわは、戦国時代に戻り、双子の妹・せつなの失われた記憶を取り戻すため夢ゆめの胡蝶こちょうを探していた。その夢ゆめの胡蝶こちょうに関わると思われる獣王・麒麟丸きりんまるの姉・是露ぜろは、弟を倒すと予言された半妖はんようを敵視し、とわたちを倒そうと画策する……
