美丽的数学岛上，有一个神奇的愿望之码。只要将“咔布”生产出的数字和“加减乘除”身上的符号正确填入其中，就可以实现任何愿望。博士为了实现统治世界的野心，一心想要得到五只咔布。在数学天才罗克和伙伴们的努力下，博士的阴谋最终破灭。博士跌入了愿望之门，竟然回到了过去。重回数学岛后，博士假扮成数学王子，更加疯狂地继续自己的阴谋。罗克和伙伴们齐心协力，一次次地挫败了“数学王子”的阴谋，恢复了数学岛的安宁。
季节经过，马上到了第二年的春天——。劣等生哥哥和优等生妹妹。两人在魔法科高中生活的第一学年即将结束。 达也和深雪等人利用春假期间，前往小笠原诸岛的某所别墅度假。 在短暂的休息当中伸展羽翼的达也等人。但，在这样的达也等人面前，一位名叫“九亚”的少女现身了。 从海军基地脱逃的这位少女，向达也传达了一个请求——。
因家庭困难开始在家庭餐馆打工东田大辅。但是有一个家庭餐馆，有一个白痴的现场监督，服务员的一切都是用钱来衡量的，等等。，也没有正经人……！？
