职于新宿区政府的宫古新，本应成为一个普通的公务员，却被调遣到了一个东京23区各区都无人知晓的“夜间地区交流科”工作。 工作的内容是，解决各种妖怪们引起的超自然事件。 与部门的前辈即课长榊京一，和狂热爱好超自然现象的姬冢圣央一起，每日与超越人类常识的存在相处，日日夜夜出勤工作。
故事发生在71岁，当时宇宙中居住着总人口的70%。这时候世界上有两大势力——军事同盟发展起来的“多西亚军事同盟”和贸易协定扩张起来的“环大西洋”。而故事的主角，史的中立国小迪奥，也遭到了多尔奇亚军的入侵。在失去了顺畅的日常生活时，石遇到了神秘的人形武器“Valvrave”
