旅行者奇诺（Kino）骑着她会说话的摩托车汉密斯（Hermes）去各个国家旅行，并且在每个国家停留的时间奇诺只有三天。在她体验了那个国家的文化和风俗之后，她离开了，去了另一个国家...
--世界は美しくなんかない そして それ故に 美しい--
--The World Is Not Beautiful,Therefore It Is--
--这个世界并不美丽，然而，又因此而美丽--
乍看之下，宫本蕾贝卡（斋藤千和 配音）是一个满头金发的11岁少女，她的外表可爱个性胆小，是个人见人爱的小不点。令人想不到的是，蕾贝卡居然是毕业于麻省理工大学的天才少女，并且，她还有着一份正式的职业——桃月学院一年C班的班主任。面对着这个娇小的班主任，一年C班的同学们发出了不可置信的呼声。然而随着接触的深入，他们发现，这个外表萝莉的老师，却有着一颗正直勇敢的心。 在桃月学院里出没着各式各样有趣的家伙， C班的神秘老头子（大竹宏 配音），D班的酒鬼五十岚美幸（大原沙耶香 配音），B班的早乙女（花轮英司 配音），再加上每个班级里鬼灵精怪的同学们，蕾贝卡快乐的校园生活开始了。
青与医生俊夫一同生活在冲绳的磐户岛上。突然出现的神秘的「Secret」对珊瑚岩进行了攻击。一心为了保护磐户岛的青启动了运输舰上的军用FP...
