现代日本药学研究者药谷完治醒来后，发现自己转世为宫廷药师名家德·梅迪西斯家的儿子法尔玛·德·梅迪西斯。法尔玛对这个世界上充斥着错误的治疗方法和药物调配、无法称之为医疗行为的巫术和魔法的医疗感到绝望。前世培养的现代药学，再加上在异世界得到的特异能力【物质创造&物质消除】，使用只有贵族才能使用的【神术】，对抗所有疾病。然后，为了将真正有效的药物广泛地传递给人们，开设了“异世界药局”……异世界作弊×现代药学！改变异世界医疗的助人幻想，今天开业！
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
