在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裏又看到另一羣孩子們拼命求生存的身影……。
以住在北海道旭川市的高中生馆胁正太郎，与热爱“骨”、既是标本收藏家亦掌握一些验尸相关知识的美人大小姐九条樱子为中心，主要讲述了他们遭遇并解决各种各样牵涉人命的事件的物语。
