南波刑务所——位于海上孤岛的难攻不落巨大刑务所。 没有任何人能从被强悍的看守以及世界最高水准的安保所守卫的这所刑务所当中越狱……应该是这样！？ 带着神秘枷锁的天才越狱囚犯·Jugo（囚犯编号15号） 喜欢女人的赌徒·Uno（囚犯编号11号） 爱打架的美食家·Rock（囚犯编号69号） 身患宿疾的阿宅·Nico（囚犯编号25号） 集中在13舍13房的，有些奇怪的4名囚犯。 为了阻止他们越狱，每天急速冲刺的最强看守双六一！！ 个性丰富的囚犯、看守们的最高纯粹笨蛋物语，在此刑务所开幕！！
某日早晨，普通的女子高校生・源内青收到一个神秘包裹。 打开后发现里面放了名为FRAME ARMS GIRL的完全自律型小型机器人『轰雷』。 是玩具!还是塑胶拼装模型! 但是轰雷不仅仅是FRAME ARMS GIRL。 而是搭载了在通常的人工智能以上，拥有高度人格的人工自我——AS（Artificial Self）的最新型试作机。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
