高三的十月下旬，神原骏河向高中三年级的阿良良木历介绍一位转校生——忍野扇。放学后，忍野扇开始说一些奇怪的事情。她曾转学过很多次，并将每一次到过的校舍都画成地图。他发现三楼的视听室被拉长，也许有隐藏的房间。扇和历发现隐藏的房间，进去之后里面停止的时钟和推不动的门窗，一切就像停止了一样…这是解开阿良良木历构成之谜的物语，是知晓一切起点的物语。
只有清纯少女的特权——精灵契约。贵族小姐聚集的阿蕾莎精灵学院，从事着作为精神使者应该接受的训练和精英教育。十几岁的风早神人是世界上第二个可以和精灵交流的男性。他被格雷瓦斯召唤到精灵学校。在去学校的路上，他遇到了正在洗澡的大学生克莱尔。结果他被要求改为和小精灵签约。就这样，风早神人成了一个不可能存在于这个世界上的男巫师。
