“天使之卵”架构在一个充满阴影和灰暗色彩的超现实主义世界中，剧情的主角是两个没有提及名字的少年与少女。 少女随身带着一颗神秘的蛋，她花许多的时间在某个歌德式的死城里搜集各式瓶子与手工艺品。身上背着一把十字型武器的少年在某天也随着一种神秘的机械来到这个城镇。 同时，巨大腔棘鱼的身影在城镇上方出现，城市里的人也成群的活过来开始用长枪猎捕这些鱼群。 在少女如巨穴般的瓶子中，就像个庇护所一般，里面收藏着蒐藏品。少年等少女入睡后将那颗神秘的蛋打破。 少女表现得很生气并紧跟着已经离开的少年。最后少女沉入了溪谷中死去，她口中吐出来的气泡最后都化作了一颗颗的蛋。
泡泡（伍凤春 配音）是一条十分平凡的小鲤鱼，某日，它的家乡鲤鱼湖遭到邪恶的赖皮蛇（贾小军 配音）的祸害，无奈之下，泡泡只能背井离乡，过起了颠沛流离的生活。泡泡得知，唯有借助龙的力量才能够打倒赖皮蛇，于是踏上了寻找龙鳞的旅途。 沉默寡言稳重可靠的阿酷（李金艳 配音）、歌声优美动听但身体孱弱的小美美（陈红 配音）、耳根软，丝毫没有主见的双面龟（张云龙 配音），泡泡一路上结识了这些性格迥异但都同样善良的伙伴们，彼此成为了最坚持和稳定的依靠，众鱼在历尽艰险受尽迫害的过程里建立了深厚的感情，亦磨练了意志。最终，泡泡成功的找回了散落各处的五片龙鳞，来到了赖皮蛇的面前。
