乌森之地有着不可思议吸引妖怪的力量，凡是接近那儿的妖怪，都会得到强大的力量而急剧进化、变强。年幼时，因为良守同情一只妖怪，而使它产生变化，就在千钧一发之际，时音救了他，却也因此受了严重的伤。良守非常自责，下定决心要变的更强，保护时音.然而结界师所要面临的危险远不是他想的那么简单..
某日早晨，普通的女子高校生・源内青收到一个神秘包裹。 打开后发现里面放了名为FRAME ARMS GIRL的完全自律型小型机器人『轰雷』。 是玩具!还是塑胶拼装模型! 但是轰雷不仅仅是FRAME ARMS GIRL。 而是搭载了在通常的人工智能以上，拥有高度人格的人工自我——AS（Artificial Self）的最新型试作机。
公司内的评价是“明明长得很漂亮，却又严厉又可怕，太凶了。”的办公室女性铁轮。铁轮不擅长与人交往，今年被任命为新入职员工亀川的指导员。为了亀川，铁轮尽力作为指导员表现自己，但……
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
