这是一个关于女孩的故事，她们被纽带联系在一起。Kizuna Eye在虚拟世界中像彗星一样出现，并迅速走红。她在连续五年获得“虚拟网格奖”的Lapind'Or巅峰后突然消失。从那时起，时间就过去了——埃顿学院，一所专门生产活跃在虚拟世界中的人力资源的学院。每天为实现梦想而努力学习的学生们聚集在那里。“我想成为像爱酱一样的虚拟艺术家！”仰慕木纲爱的少女美乐带着这样的愿望进入了亚顿学院。而她未来要遇到的人，也带着各种感情在埃顿度过了时光。准备好？ ——
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
