给人类带来智慧与和平的存在——女巫。然而，莉迪亚帝国的“超级工业革命”造就了超越魔法的科学文明，女巫被视为阻碍进步的“敌人”。“猎巫”就这样开始了。 阿多尼斯，一个由女巫克洛伊抚养长大的人，被剥夺了他心爱的老师，并发誓要向他同类的人性复仇。修罗在屠杀的结局里，会找到怎样的“救赎”？
喜欢珠宝配饰的女高中生·瑠璃，想要买水晶项链却受限于妈妈的经济制裁，于是突发奇想到以前常采野菜的山中寻找水晶，还真的发现了原生的水晶矿石·!! 神秘又惊叹连连的矿物收藏世界，无论是山脉、河流、洞穴，哪里有宝藏就往哪里去!
季节经过，马上到了第二年的春天——。劣等生哥哥和优等生妹妹。两人在魔法科高中生活的第一学年即将结束。 达也和深雪等人利用春假期间，前往小笠原诸岛的某所别墅度假。 在短暂的休息当中伸展羽翼的达也等人。但，在这样的达也等人面前，一位名叫“九亚”的少女现身了。 从海军基地脱逃的这位少女，向达也传达了一个请求——。
