只要人类拥有心，就一定会有烦恼。“怪”也由此乘虚而入，在体内引发奇怪的症状。被称作“怪病”的这种病症，虽然无人知晓，但确确实实地存在着。面对现代医学的治疗手段束手无策的这种病症，有一位医生和弟子一同出面应对。他的名字是拉姆尼。外表怎么看也不像是个医生，不论何时都我行我素，而且说话也毫不留情。但他一旦面对怪病，就能瞬间发现患者们隐藏在心中的烦恼原因，并加以治疗。
1930年代，以欧洲为中心突然出现的人类之敌“涅洛伊”。 能够对抗以通常的兵器难以破坏的涅洛伊的， 只有被称作魔女的、拥有特殊魔法力的少女们而已……。 1944年9月，在以第501统合战斗航空团“Strike Witches”为中心的联合军活跃之下，高卢共和国上空的涅洛伊巢穴消灭，欧洲西部的安全得到了确保。 以此为机，联合军开始正式计划对欧洲中央—东部方面的反抗作战。 在欧拉西亚帝国彼得堡构筑了基地的， 第502统合战斗航空团“Brave Witches”也被下达了出击的命令。 背负人类的希望，充满勇气的魔女们，在东欧的寒空中巡航。
在地图上没有记载的无人岛・不承岛，岛上生活着不使用刀的剑术・虚刀流第七代当家鑢七花与其姐姐鑢七实。 幼年时随父亲漂流到此岛上，生活至今已经20年了。 在父亲去世后，本以为在这个世上已经没有人记得他们了。某日，一位自称咎的奇策士突然来到岛上拜访。 她是为了收集传说中的锻刀师・四季崎记纪终其一生冶炼的十二套变刀体，而来求助于虚刀流的当家七花。 但是，在他们的交谈中突然遭到了袭击！袭击者是真庭忍军十二头领中的真庭蝙蝠。七花愤怒地追着蝙蝠而去……。 在世外桃源之地长大、对外界一无所知的剑士鑢七花的旅途开始了。在前方等待他的究竟会是地狱般的决战抑或是命悬一线的……恋爱泥潭！？
