位于东京御台场，拥有自由校风和多项专科的人气高中「虹咲学园」。对学园偶像的魅力感到心动的普通科2年级高咲侑，和儿时玩伴上原步梦一起敲响了「学园偶像同好会」的门。 有时作为对手，有时作为同伴，胸怀各自的心意，每天展开活动的成员们。「如果能够为追逐梦想的人加油的话……。」12名与1名少女所编织的，第一次的「大家实现梦想的故事（School Idol Project）」。响彻吧！我们的心动——现在，再一次追逐梦想吧！
爱德华德和他的弟弟阿尔芬斯十分思念在他们还小的时候亡故的母亲，实行了炼金术中最大的禁忌——可以将死者复活的人体炼成。 可是炼成失败，爱德华德失去了左腿，阿尔芬斯则失去了全身。爱德华德好不容易才以牺牲自己的右臂为代价将弟弟的灵魂炼成，并定着在一副铠甲上，可是其代价未免太大了。爱德华德和阿尔芬斯一起，为了找回所失去的一切，开始踏上了寻找拥有极大力量的“贤者之石”的旅程。 右臂和左腿用钢制义肢“机械铠”来替代的他，被人们称为“钢之炼金术师”…
主角高町奈叶是一名普通的小学三年级女生。在去补习班的路上，她和朋友们发现了来自不同世界米德其路达（翻译米德芝尔达）的雪貂尤诺·斯克莱亚。他用心灵感应告诉奈叶，他来到这个世界的原因是为了回收他挖掘的太古遗产（平行维度中高度文明的遗产）“宝石种子”。奈叶决定取代尤诺出面回收，以保护可能因宝石种子而被破坏的城镇。没想到，这只是一系列事件的开始。他们相遇的目的和他们一样，因为回收宝石种子而出现的神秘金发女巫导师是...
