“天使之卵”架构在一个充满阴影和灰暗色彩的超现实主义世界中，剧情的主角是两个没有提及名字的少年与少女。 少女随身带着一颗神秘的蛋，她花许多的时间在某个歌德式的死城里搜集各式瓶子与手工艺品。身上背着一把十字型武器的少年在某天也随着一种神秘的机械来到这个城镇。 同时，巨大腔棘鱼的身影在城镇上方出现，城市里的人也成群的活过来开始用长枪猎捕这些鱼群。 在少女如巨穴般的瓶子中，就像个庇护所一般，里面收藏着蒐藏品。少年等少女入睡后将那颗神秘的蛋打破。 少女表现得很生气并紧跟着已经离开的少年。最后少女沉入了溪谷中死去，她口中吐出来的气泡最后都化作了一颗颗的蛋。
作品的舞台是以“尽可能快乐地度过放学后的时光”为主导思想的“归宅部”，故事描绘出其不意地进入了归宅部的女主角安藤夏希与部长道明寺樱等部员谱写的异乎常人的日常。
在经历了“奇遇记”中的奇幻冒险之后，三毛得到了进一步的锻炼与成长，并增加了勇气与 智慧。三毛、小拉里、巧巧和小怪怪这四个小伙伴正在童话世界中过着幸福快活的日子，突然有一天，他们的平静生活被一件突发事件所改变。
