在世界顶尖侦探学校·青蓝被誉为天才的鸭乃桥论，因患上某个致命“缺陷”，被剥夺了成为侦探的资格。在度过一段怀才不遇的岁月后，与警视厅搜查一课的一色都都丸——外号“都都”的相遇，极大改变了他的命运。论负责解谜，都都负责侦查，他们接连侦破疑难案件，逐渐成为了名搭档。青蓝内部也有论的理解者在两眼发光地关注着他的动向。其中一人就是校长艾梅利希。她告诉论，导致他被开除的“染血实习案”是一个圈套。其幕后主使，是制造了众多悬案的“史上最凶恶的犯罪一族”——M家，家主名叫麦罗·莫里亚蒂。为了给予论更大的绝望，麦罗将妹妹·温特派往了日本。论与麦罗之间究竟有何恩怨？
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
过去被毁灭的死者之街——在这样一处冷僻的土地有一名活人小孩，名叫威尔。养育这位少年的，是三名不死族。豪迈的骷髅剑客布拉德、端庄的神官木乃伊玛莉以及乖僻的魔法师幽灵古斯。在三人的教育与疼爱中，少年日渐茁壮。一天，少年不禁产生疑惑：“……现在的“我”究竟是谁？”不死族们隐藏于世界尽头之街的秘密终被威尔解开。善良之神们的爱与慈悲，邪恶之神们的偏执与疯狂。明白一切之后，少年决心踏上了圣骑士之路。
