故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始，深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格，行為奇異，究竟宮下是否這些死亡事件的主谋？ 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神，還是正義的使者？
五千年前，对于修行有着无数憧憬的少年，却因体质特殊而无法突破炼体期，进入下一个修炼境界。他从远古神话时代一直修炼到了现代社会，站在繁华都市中，炼体期九万九千四百四十二层的轩辕铭。给自己定了一个小目标：先修炼到炼体期十万层！
