互相帮助，争取成为一个彻底的小市民吧。 小鸠过去因为喜欢进行被他称之为“动脑子”的推理活动，有过一段苦涩的经历，这让他决心成为一个谨小慎微的小市民。 他和有着同样志向的同学小佐内结成了互帮互助的密切“互惠”关系，准备以小市民的身份迎接崭新的高中生活。 但不知为何，不可思议的事件和灾难接连不断地降临到他们的校园生活中。 小鸠和小佐内到底能否得到梦想的小市民安稳生活呢？
第二次新吉翁战争结束12年后U.C.105年，由于地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速，在强迫平民前往宇宙的同时，也开始实施不人道的政策“人类狩猎”在这种形势下，反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”，在组织首领：马夫蒂·纳比尤·艾林”他的真实身份是联邦军中久负盛名的一年战争的英雄，联邦上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚）的指导下，发动了一系列的恐怖活动，如暗杀反地球 美国联邦官员。继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔的思想，一个不断为自己内心的意志和道路而奋斗的士兵，却和联盟上校凯奈斯·斯雷克和谜之少女琪琪·安达露西亚相遇，这也是一次改变他们命运的相遇。
