イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
刚进入暑假，中学1年级的未来，陪着弟弟悠贵去参观机器人展。横眉冷对兴奋的弟弟，反抗期的未来很无聊地按着手机。“毎天每天都是烦人的事情…。这种世界干脆坏掉最好。”这样想的瞬间，地面突然开始猛烈震动。袭击东京的是高达8.0级的海沟型大地震。 崩溃的海滨大桥桥，倒塌的东京铁塔。在瞬间一切都变了的东京。未来牵着悠贵的手，借助摩托车快递员真理的力量朝世田谷的自家奔去。到底三人能否顺利回家呢？
幽灵？那种东西不可能存在吧！我闻悠太是高中2年生。他运营着以一夜致富为目标的超自然汇总系营销博客“轻轻松松破假象”，为了将世上存在的多数超常现象以科学的解释来“干净利落地砍掉！”，而日夜挑战着超自然现象。然而，以他的博客为契机，彻底、狂热、古怪的同志们全都集结到一起了。自我矛盾型自称救世主、神愈灵能媒介者、全否定型超理论派大学生、萌系占卜大老师、死后世界引导人、未来预知型同人漫画家大姐姐、黑魔术代行屋、现充系杂志记者、残念系Cosplay阿宅刑警，本来不应相遇的他们的命运不可思议地交错起来。之后，他们的周围开始产生一些小小的“违和感”。它们逐渐化作巨大的波澜，并发展成为超乎想象的大事件——
