曾从日本来访，给世界带来巨大灾害的“迷途之人”。因为他们过去带来了毁灭世界的灾难，所以被视为“禁忌指定”，有必要暗中处刑。以处刑“迷途之人”为业的“处刑人”梅诺，有一天遇到了日本少女灯里。梅诺像往常一样打算完成任务，但因为灯里的“某种能力”而以失败告终。为了确实地处刑灯里，梅诺带着她，向着能够消灭任何异世界人的仪式场地的大教堂进发。看着对这场自己即将被杀的旅行一无所知，而单纯地享受着的灯里的样子，梅诺心中有什么地方开始改变了。——这是，她为了杀她的故事。
故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。 为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。
