日本东北地区的某座深山里，国中生小町在一间祭拜熊的神社中，担任巫女的重责大任。有一天，小町对监护人，也就是名为那津的熊说：“我想去念都市的高中。”为了能够让不经世事的小町，拥有在都市中生活的基本能力，那津展开了一连串的试炼，要求小町通过考验。
被称为仙兵器的少女与剩下的准英雄之间的虚幻而痛苦的故事。
地球后的世界被不明怪物“野兽”蹂躏，包括人类在内的许多种族都被毁灭。
勉强幸存的种族离开了地面，定居在被称为雷古鲁厄尔的空中岛屿上。
500年后在天空中苏醒的威廉·克梅修斯，在无法保护自己想要保护的东西，甚至孤身一人的绝望中，过着孤独的生活，却意外展开武器管理工作，结识了少女们 .
