一所位于东京都千代田区的传统高校“音乃木坂学院”，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。其中有三名少女想到一条妙计——成为偶像，只要她们成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数亦会上升。就这样，九位个性鲜明的少女决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己所喜爱的校园。
在世界上最好的侦探训练学校BLUE，曾经有一位天才，他以非凡的才华被视为对未来充满希望。 自BLUE开业以来一直被低声说是天才的Ron Kamonohashi被BLUE开除并被禁止成为“侦探”，原因是在学校发生事件后作为侦探的致命“缺陷”。 五年后。 过着失望和无聊的日子的罗恩被警视厅调查课的侦探一色敏丸拜访，要求在连环杀人案中合作，罗恩已经停止的时间又开始移动。 知道罗恩的苦恼，“纯手”一色敏丸好心地提供支持。 罗恩称他为“托托”，当他感觉到一起调查的无限可能性时，他指定托托为他的搭档。 罗恩解开了谜团，托托开始调查。 略显参差不齐的侦探二人组出色地破获了一起神秘案件......！
历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。据说那堵墙的另一边是一个从未见过的世界。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。
时间流转，现在墙壁被巨人毁坏，人类正一步步接近世界的真相。
巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，希丝特莉亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？
在艾伦等104期兵的加入下，新体制的利威尔班建成了。开始行动后，阻拦在他们面前的，是最强最恶的敌人。
