故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。 为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。
小夫的炫耀一如既往让大雄气愤不已，为了帮大雄实现潜水的心愿，哆啦A梦将整个城市变成了虚拟海洋，并利用道具引来了海洋中的生物。一个美人鱼来到了城市里，却阴差阳错被困了下来。她名叫苏菲亚，是人鱼一族的公主。据说，人鱼族在五千年前生活在另一颗星球，爱好和平的他们因受到另一族的侵略而来至地球避难，从此在这里扎根。大雄、静香他们很快和苏菲亚成为好朋友，并答应帮她寻找人鱼族传说的宝物“人鱼之剑”。正当小伙伴们在深海中尽情玩耍之时，危险不期而至。当初侵略了人鱼族家乡的外星恶魔也来到地球寻找人鱼之剑，小伙伴们即将展开新的冒险…… 本片为哆啦A梦剧场版开播30周年纪念作品。
幽灵？那种东西不可能存在吧！我闻悠太是高中2年生。他运营着以一夜致富为目标的超自然汇总系营销博客“轻轻松松破假象”，为了将世上存在的多数超常现象以科学的解释来“干净利落地砍掉！”，而日夜挑战着超自然现象。然而，以他的博客为契机，彻底、狂热、古怪的同志们全都集结到一起了。自我矛盾型自称救世主、神愈灵能媒介者、全否定型超理论派大学生、萌系占卜大老师、死后世界引导人、未来预知型同人漫画家大姐姐、黑魔术代行屋、现充系杂志记者、残念系Cosplay阿宅刑警，本来不应相遇的他们的命运不可思议地交错起来。之后，他们的周围开始产生一些小小的“违和感”。它们逐渐化作巨大的波澜，并发展成为超乎想象的大事件——
