四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
故事开始之初，自恐龙时代就一直沉睡在地球深处的穴居人皮克尔在现代突然复活。皮克尔徒手杀死了比自己大很多倍的恐龙，并以之为食，现在成为了一名拥有超凡战斗能力的战士。刃牙能否战胜皮克尔，并与他的父亲范马勇次郎进行最终决战？
