本作讲述的是距《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前，上一代圣战的故事。出场人物有本篇登场的黄金圣斗士童虎和史昂、这个时代的天马座圣斗士·天马、天马的挚友·被哈迪斯选中为转生体的亚伦、雅典娜的转生·萨莎（ND里未登场） 等，故事以他们为中心而展开。
有一天，最强魔法使公主锁部叶风 be 部下左门遭到暗算，被困在一个无人居住的荒岛上；又有一天，一个年轻的女孩被突然杀害，但时间在囚犯被捕之前就过去了。然后在某一天，围绕复仇和魔法，超越时空的战斗正式拉开序幕！
正气与狂妄，理性与知性，自信与确信。
在悲惨而不可理喻的世界里，少女的命运交织在一起，故事就这样开始了！
