数千年后的未来，进入宇宙空间的人类， 被分为银河帝国与自由行星同盟这两个 拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。 两国之间的抗争持续了150年， 以无边无际的广袤银河为舞台， 重复着无止境的战斗。 银河帝国的门阀贵族社会的腐败， 以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治 侵蚀着两个国家。 之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。 “常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆， 以及人称“不败的魔术师”的杨威利。 两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
