故事发生在巡之丘学园中，丈枪由纪（水濑祈 配音）天真可爱，是名副其实的开心果。惠飞须泽胡桃（小泽亚李 配音）踏实可靠，她的坚强和元气影响了身边的每一个人。若狭悠里（市道真央 配音）温柔坚强，是大家心目中稳重的靠山。直树美纪（高桥李依 配音）外表冷漠，但内心的热情不容忽视。这些可爱的孩子们共同组成了“学园生活部”，每天都在进行愉快的部活。 空无一人的校园，破败不堪的教室，四处游走的行尸，究竟哪一个是幻想，哪一个是真实？巨大的灾难面前，少女们将恐惧化作力量，尽各自的所能，目的只有一个，那就是活得更久，更快乐。
平常的早晨。 通常的音乐。 平常的自己。七个女孩的幸福突然崩溃了。死去和蠕动，被僵尸...她们不可避免地踏入的世界，“最好×最坏的僵尸世界”的女孩们只有一个愿望。“我们想活下去。”这是女孩创造奇迹的故事。
因历代祖先的形象，以及父亲的滥情行径，而长年坚持独身主义的大学生赤神明光，因一场意外邂逅少女苍叶结月，并对她一见钟情。茶饭不思的明光为祛除杂念，决定休学出家，不料前往的寺庙正是结月居住的尼姑庵。
