故事讲述了在L.C.922年，人们正在面对空前的危机。在神话世界的百年战争终结后，败下阵来的魔神们为了在地上寻求新的安居之处，向人类世界袭来。背负着守护街区宿命的警察特殊机关ALCA，旗下年轻的定理者们被强制与拥有特殊能力的异世界女神们合体，进而投身战场之中。
每个人都有着不让任何人所看见的一面——这是一个世界各国在暗地里展开激烈情报战的时代。东国和西国已经处于冷战状态长达十余年之久。隶属于西国情报局对东科（WISE）的精英间谍“黄昏”，为了调查东国国家统一党总裁多诺万·德斯蒙这一威胁东西和平的危险人物的战争计划，黄昏被指派了一个绝密的任务。这个任务称之为“枭”作战。任务的内容是在一周内组建成一个家庭，潜入德斯蒙的儿子就读的名校，并解决掉德斯蒙。但是，黄昏所遇到的“女儿”是能读懂内心的超能力者，“妻子”则是暗杀者。三人为了彼此的利益而成为了一家人，并决定在隐藏真实身份的情况下共同生活。世界的和平被托付给了这个意外频出的临时家庭。
最强的魔王雷欧尼斯为了将来的决战而将自己的灵魂封印了。然而他在1000年后再度醒来时，不知为何却变成了10岁少年的模样！？被隶属于〈圣剑学院〉的美少女黎榭莉亚所保护的雷欧尼斯，在对这个变得截然不同的世界一头雾水的情况下，入学了〈圣剑学院〉。未知的敌人〈Void〉、〈第07战术都市〉、外观观是武器形态却拥有异能之力的〈圣剑〉。在魔法被遗忘的这个未来世界，最强魔王与美少女们交织而成的圣剑与魔剑的学园幻想物语盛大开幕！
