故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始，深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格，行為奇異，究竟宮下是否這些死亡事件的主谋？ 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神，還是正義的使者？
雨之国的公主妮可，拥有一种特殊的能力-控制降雨，性格好胜。她在输掉和姐姐的剪刀石头布后被迫嫁给了晴之国Livius。Livius在三年内征服了世界，被世人称为恐怖之王。然而，当妮可第一次遇见Liveius时惊奇的发现，Livius是一位比自己还小的少年。妮可和Livius从最开始的形式上的夫妻，共同走到最后心灵相通。
时值江户后期，有一个被极其暴虐的盗贼们称为“鬼”并畏惧着的男人。这个人正是“鬼之平藏”火付盗贼改方·长谷川平藏。火付盗贼改方，是特别警察的一种，不仅负责取缔江户市内外的犯罪，还能去他国抓捕犯罪者，是一个机动性很高的组织。然而平藏并不是个只忠于职务的顽固男人，有时也会对犯罪者手下留情。平藏绝不容许的，是非人道。《盗贼三项》——不杀人，不奸污妇女，不偷盗要倒闭的店——一旦违反这三条，背弃人道的人则决不饶恕。
