春天到了，已经进入高中三年级的北川优子还在想着做蛋糕。
春晚放学回家的路上，玉子的四位朋友一行人畅谈着未来。 众人虽然对此有些不安，但似乎对未来也有深思熟虑。 玉子还无意中说，她以后要继承家业。
与此同时，住在玉子家对面，一直陪在她身边的莫伊佐，也下定了决心。
周围的各种事情都在逐渐发生变化，一点一点地震动着玉子的心。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
