被称为仙兵器的少女与剩下的准英雄之间的虚幻而痛苦的故事。
地球后的世界被不明怪物“野兽”蹂躏，包括人类在内的许多种族都被毁灭。
勉强幸存的种族离开了地面，定居在被称为雷古鲁厄尔的空中岛屿上。
500年后在天空中苏醒的威廉·克梅修斯，在无法保护自己想要保护的东西，甚至孤身一人的绝望中，过着孤独的生活，却意外展开武器管理工作，结识了少女们 .
一所位于东京都千代田区的传统高校“音乃木坂学院”，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。其中有三名少女想到一条妙计——成为偶像，只要她们成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数亦会上升。就这样，九位个性鲜明的少女决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己所喜爱的校园。
