故事发生在位于东京郊外的私立八光学园之中，这所学校致力于培养高贵纯洁的千金大小姐并因此远近闻名。然而，令众人都无法相信的是，自2011年4月起，这所从未被男子所踏足过的圣殿，竟然开始招收男生，而以藤野清志（中川大志 饰）为首的五个男生成为了这所学校历史上的首批男子学员。 在诸葛岳人（柄本时生 饰）、若本真吾（矢野圣人 饰）、安德烈（坂本祐介 饰）和根津让二（宫城大树 饰）的怂恿之下，藤野清志决定和他们一同去偷窥女澡堂，然而很快就落网的四人当然遭受到了来自于校园内部神秘组织“里学生会”的惩罚。他们被监禁在“监狱”之中，每日都要受到会长栗园万里（山崎紘菜 饰）等学生会骨干的“折磨”和“蹂躏”。
第二次新吉翁战争结束12年后U.C.105年，由于地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速，在强迫平民前往宇宙的同时，也开始实施不人道的政策“人类狩猎”在这种形势下，反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”，在组织首领：马夫蒂·纳比尤·艾林”他的真实身份是联邦军中久负盛名的一年战争的英雄，联邦上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚）的指导下，发动了一系列的恐怖活动，如暗杀反地球 美国联邦官员。继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔的思想，一个不断为自己内心的意志和道路而奋斗的士兵，却和联盟上校凯奈斯·斯雷克和谜之少女琪琪·安达露西亚相遇，这也是一次改变他们命运的相遇。
故事发生在巡之丘学园中，丈枪由纪（水濑祈 配音）天真可爱，是名副其实的开心果。惠飞须泽胡桃（小泽亚李 配音）踏实可靠，她的坚强和元气影响了身边的每一个人。若狭悠里（市道真央 配音）温柔坚强，是大家心目中稳重的靠山。直树美纪（高桥李依 配音）外表冷漠，但内心的热情不容忽视。这些可爱的孩子们共同组成了“学园生活部”，每天都在进行愉快的部活。 空无一人的校园，破败不堪的教室，四处游走的行尸，究竟哪一个是幻想，哪一个是真实？巨大的灾难面前，少女们将恐惧化作力量，尽各自的所能，目的只有一个，那就是活得更久，更快乐。
