大雄在学校的后山捡到一株被人抛弃的树苗，通过哆啦A梦的植物自由化生长叶，树苗一夜之间变成了蹦蹦跳跳的小家伙，大雄为其取名木木。木木聪明伶俐，热爱学习，不仅得到了野比家所有人的喜爱，也成为胖虎、小夫、静香他们的好朋友。某天，小伙伴们去后山玩耍，结果被吸入到外星飞船之中。由于人类对地球生态环境的破坏日趋严重，一群具有高智慧的植物宇宙人决定将地球上的植物劫持，以挽救它们濒临灭绝的命运。然而，失去植物，地球上的氧气将会减少，人类乃至所有动物都将灭亡。大雄他们能否阻止宇宙人的计划？ 本片根据日本漫画家藤子不二雄的原作改编。
支配著地球上所有法則的是被成為『共存均衡』的巨大力量；『元靈神』是擁有超越人類能力並為了守護這個均衡的存在；擁有相同的外表和共同的命運的三個靈魂的『三位一體』；等待在神秘的另一端的、經歷殘酷而壯烈的戰鬥……
这是一个学习成绩决定了一切的世界，在这个世界里，在测验里拿到高分的人能够顺理成章的过上无忧无虑的幸福生活，而等待着那些落榜者的，就只是悲惨的惩罚。如此严苛的纪律使得人们自动分为了两派——注重实力，以真材实料取胜的L型，以及依靠着旁门左道的作弊技巧取胜的C型。 当然，单纯的L型或是C型都无法在日渐激烈的考试竞争中挣得上游，唯有两种类型的人组成搭档，才有可能获得最终的胜利。我们的主人公诸葛睦明（山口智大 配音）就是一个典型的C型选手，一日，他偶遇了非常优秀的L型选手黄巧衣（钉宫理惠 配音），一番波折之后，两人决定组成搭档。
